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IMED2: 3D/3D registration with labeled atlas

DPH and TURP treatment

The endo-vascular treatment for BPH

C’est quoi le challenge ?

La variante anatomique la moins embetante est la C. Meme si on bouche les vaisseaux, les os ne risque pas de se necroser.

La plus compliquer est la B car le point de bifurcation est proche des arteres et du penis, boucher les vaisseaux pourrait tout niquer.

Quand on fait un volume rendering, on voit ca:

From CBCT to clinical information

Une fois sur le centerline, on peut labeliser les vaisseaux a la main, en fonction de si c’est des vaisseaux d’interets ou non.

Pourquoi on n’essaierai pas de faire ca automatiquement ?

On a essaye dans un premier temps de classifier les arteres: on fait une boule autour de la prostate et on regarde

State of the art on vessel classification

Pour tester les classifier, on ouvre scikit et on teste tous les classifiers a la main

Vascular tree labeling as a classification problem on subtrees

Overview

  1. Compute descriptors
  2. Predict a lable
  3. Branch label assignment

Tackle a machine learning problem

A best practice proposal inspired from different courses

  • Data splitting
    • To ensure statistical relevance of the results
  • Metric definition
    • To compare algorithms and evaluate performances
  • Define metrics targets
    • Human level
    • Dumb algorithm
    • State of the art
  • Data preprocessing
    • Explore,
    • outlier removal,
    • feature engineering normalization
  • Model selection
    • Identify relevant models to test
  • Hyper-parameter tuning
    • Either panda or caviar
  • Iterate
    • Evaluate the model
    • Learn from failure
    • Augment data

Large Diffeomorphic Deformations Metric Mapping

Compute the registration

Pourquoi utiliser ca ?

  1. Utiliser une deformation tres non-rigide
  2. On a besoin de statistiques

Toward atlas building

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