Lien de la note Hackmd
RORPO
- By Odyssee Merveille
Mathematical morphology
The basic operators:
- Erosion
- Dilation
- Opening
- Closing
How it works
- Relies on path operators
C++ directional features
RORPO: recuperer des features directionnelles, objets tubulaires Dans l’exemple: indiquer vecteur directionel
- Pointwise Rank Filter
- Find orientation of interest
- Combine orientations
Dans l’exemple: la separation qui minimise le mieux la formule est la bleue
Implementation
Parametres optionel: 
Iterer pixels image: 
Chercher la bonne separation des groupes: 
Combiner orientations sur un meme vecteur: 
PyRORPO
Python module
Librairie entierement en C++ pour Python Methods:
- RORPO
- RORPO_multiscale
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Bindings libs:
- Ctypes
- CFFI
- Boost::Python
Why pybind11:
- Focus on C++
- Use of c++ to specify the module
- Simple to use
Bindings
A droite: definir la methode de notre module python $\rightarrow$ mapping de notre fonction chapeau
BINDING_OF_TYPE: defini tous nos bindings a chaque ligne
Documentation
The documentation on how to create shared library, import shared module in python, on each available function
New options for C++ progran
- uint8: convert image in uint8
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- normalize: input mage normalized
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Tests
- pytest
- virtualenv integretaion machine
Tests:
- Float/double input image
- Input image containging negative values
- uint8 option
- windows option
Isotropic images
Isotropy is uniformity in all orientations Use of: itk::ResampleImageFilter<TInputImage, TOutputImage, TInterpolarPrecisionType, TTransformationPrecisionType> 
Encountered difficulties
- Creation of a PIP package
- Pas forcement de documentation: package en C++ pour python
- Package pas installable et distribuables sur differentes plateformes
- Isotropic images
Questions
Guillaume Tochon
Package pip manquant mais hors ca est-ce que le produit est considere fini ?
Pour les features implementees, le produit est termine, est fonctionel et fonctionne comme planifie au debut
Applications concretes de tout ca?
Non, hors celle de Odyssee. Odyssee a fourni des images synthetiques pour tester le programme et verifier que les resultats marchaient.
Quels ont ete les cours suivis dans la majeur les plus utiles ?
Le cours TK et morpho de maths
Elody Puybareau
Question sur RORPO:
- Vous avez montre l’exemple avec un nifty, marche que sur nifty ou d’autres types d’image?
Ca marche sur d’autres type d’image, marche sur n’importe quel type d’image. Le “load to numpy” n’est qu’un exemple
- Comment vous gerer la conversation en uint8? Par exemple les donnees medicales sont souvent en 16bits, regarde en details les histoire de dynamique ?
Gerer automatiquement: lorsqu’on recoit des images de type uint16, directement gerer par RORPO
Comment a ete decoupe le travail en equipe ? Tous ensembles, separes les differentes taches, etc. ?
Separer les differentes taches
Pression de faire des points avec Odyssee qui a permis d’avancer ou auto-motive ?
Lorsqu’on a plusieurs projets en simultanes, oui les reunions avec Odyssee permette de progresser regulierement. Repartir bredouille d’une reunion permet de se motiver pour la fois d’apres.
Eleves
Qu’est-ce qui a bloque le developpement du package pip?
Que ce soit pas du full python, pas de facon propre de bind une librairie en C++
Odyssee
Ressenti et travail fourni: projet long a demarrer au debut mais pas mal de background pour comprendre RORPO, beaucoup de code pas forcement hype propre a prendre en main et aussi beaucoup de projets en parallele. Gael et Anna ont propose des solutions satisfaisantes pour le binding, Anna a meme trouve des bugs dans le code original. Le binding en python est suffisant et librairie deja en cours d’utilisation et au final tres satisfaite du travail. Travail pas tres axe recherche mais plus dev et amelioration.